DNA融解温度計算機
カテゴリー：生物学
- 2025年3月29日
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DNA融解温度計算機
さまざまな方法を使用してDNAオリゴヌクレオチドの融解温度（Tm）を計算します。
DNA配列
長さ:
0 bp
GC含量:
0%
計算方法
μM
DNA融解温度計算機とは？
DNA融解温度計算機は、DNA鎖が2本の単鎖に分かれる温度を推定するのに役立つツールです。この温度は融解温度（Tm）と呼ばれます。これは、PCR（ポリメラーゼ連鎖反応）、ハイブリダイゼーション、プローブ設計など、DNAを含む多くの実験技術において重要な要素です。
DNA配列を入力し、いくつかの計算方法の中から1つを選択することで、このツールはTm値を提供し、実験のための最適なアニーリング温度を提案します。
使用される公式
基本（ウォレス）法：
Tm = 2°C × (A + T) + 4°C × (G + C)
Tm = 2°C × (A + T) + 4°C × (G + C)
最近接隣接法：
Tm = ΔH / (ΔS + R × ln(c / 4)) − 273.15
Tm = ΔH / (ΔS + R × ln(c / 4)) − 273.15
塩調整法：
Tm = 81.5 + 16.6 × log₁₀[Na⁺] + 0.41 × (%GC) − 600 / 長さ
Tm = 81.5 + 16.6 × log₁₀[Na⁺] + 0.41 × (%GC) − 600 / 長さ
計算機の使い方
計算機の使用は簡単で直感的です。始める方法は次のとおりです：
- 提供されたテキストボックスにDNA配列（5'から3'）を入力します。
- 計算方法を選択します：
- 基本（ウォレス）： 14塩基未満の短い配列に最適です。
- 最近接隣接： より長いまたは複雑な配列に対してより正確です。
- 塩調整： 溶液中の塩濃度を考慮します。
- 塩調整法を使用する場合は、mM単位で塩濃度を入力します。
- 最近接隣接法で使用するプライマー濃度をμM単位で設定します。
- チェックボックスを使用して、公式の詳細と相補鎖を表示するかどうかを選択します。
- Tmを計算をクリックして結果を確認します。
例題計算
以下は、いくつかの例入力と計算機から期待できる結果です：
例1：基本法を使用した短い配列
- DNA配列： ATGCATGCATGC
- 方法： 基本（ウォレス）
- 結果のTm： 36°C
- アニーリング温度： 31°C
例2：最近接隣接法による長い配列
- DNA配列： AGTCCGATCGATCGGATCGA
- プライマー濃度： 0.25 μM
- 方法： 最近接隣接
- 結果のTm： ~60.5°C
- アニーリング温度： ~55.5°C
例3：塩調整法
- DNA配列： GCGCGCGCGCGC
- 塩濃度： 100 mM
- 方法： 塩調整
- 結果のTm： ~72.3°C
- アニーリング温度： ~67.3°C
この計算機が役立つ理由
DNA融解温度を理解することは、成功する分子生物学実験を設計するために不可欠です。この計算機は、特定の配列と条件に基づいて迅速かつ信頼性の高いTm推定を提供することで、そのプロセスを簡素化します。
主な利点は次のとおりです：
- PCRアニーリングステップのための適切な温度を選択するのに役立ちます。
- DNA配列のGC含量と分子量を提供します。
- DNA鎖とその相補対を視覚化して、より良い理解を促進します。
- 異なる配列長や実験ニーズに応じたさまざまな方法をサポートします。
よくある質問（FAQ）
融解温度（Tm）とは何ですか？
融解温度は、サンプル内のDNA分子の半分が単鎖になる点です。これはDNA二重鎖の安定性を反映しています。
どの計算方法を選ぶべきですか？
- 基本（ウォレス）： 短い配列（14塩基未満）に最適です。
- 最近接隣接： より長い配列を含むより正確な計算に理想的です。
- 塩調整： より長い配列や異なる塩濃度で作業する際に使用します。
GC含量とは何ですか？
GC含量は、DNA配列内のグアニン（G）とシトシン（C）塩基の割合を指します。GC含量が高いほど、通常はTmが高くなります。
最適なアニーリング温度とは何ですか？
これは、PCR中にDNAプライマーがテンプレート鎖に結合するための推奨温度です。一般的にTmよりも5〜10°C低くなります。
RNAや混合配列に使用できますか？
いいえ、このツールは特にDNA配列用です。RNAやあいまいな塩基を含む配列には対応していません。
結論
DNA融解温度計算機は、DNAを扱う研究者や学生にとって貴重なツールです。実験設計の重要な部分を簡素化し、特定のニーズに応じた迅速で有益な結果を提供します。