タンパク質分子量計算機
カテゴリー：生物学タンパク質の分子量は、そのアミノ酸残基の平均同位体質量の合計を使用して計算されます:
\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]
ここで:
- \(n_i\) = 配列中の各アミノ酸の数
- \(MW_i\) = 各アミノ酸の分子量
- \(n_{peptide}\) = ペプチド結合の総数
- \(MW_{H_2O}\) = 水分子の分子量 (18.02 Da)
タンパク質分子量計算機とは何ですか？
タンパク質分子量計算機は、アミノ酸配列または組成に基づいてタンパク質の分子量を決定するのに役立ちます。また、理論的等電点 (pI)、消光係数、疎水性 (GRAVYスコア)、およびpH 7での正味電荷などの追加の特性も計算します。
計算機の使い方
計算機は、タンパク質データを入力するための複数の方法を提供します:
- 配列法: 一文字のアミノ酸コードを使用してタンパク質配列を入力します。
- 組成法: 各アミノ酸の数を手動で入力します。
- 高度なオプション: アセチル化、ジスルフィド結合、または末端修飾などの修正を適用します。
主な機能
- ダルトン (Da) とキロダルトン (kDa) の両方で分子量を計算します。
- アミノ酸のpKa値に基づいて理論的pIを決定します。
- 280 nmでのUV吸収のための消光係数を計算します。
- GRAVYスコアを使用して疎水性を推定します。
- リン酸化、メチル化、アミド化などのカスタム修正を考慮します。
なぜタンパク質分子量が重要なのですか？
タンパク質の分子量を知ることは、以下のために重要です:
- 電気泳動分析 (SDS-PAGE、ウエスタンブロッティング)。
- 質量分析による同定。
- タンパク質の精製とクロマトグラフィー。
- 構造および機能研究。
よくある質問
理論的pIはどのように計算されますか？
等電点 (pI) は、タンパク質が正味の電荷を持たないpHです。これはヘンダーソン-ハッセルバルヒの方程式を使用して計算されます:
\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]
消光係数とは何ですか？
消光係数は、トリプトファン (W)、チロシン (Y)、およびシスチン (C) 残基の数を使用して計算されます:
\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]
計算機は修正をどのように扱いますか？
計算機は、さまざまな翻訳後修飾を適用でき、これらはタンパク質の分子量に加算または減算されます。
GRAVYスコアとは何ですか？
GRAVYスコア（Grand Average of Hydropathy）は、タンパク質の疎水性を測定する指標です。これは次のように計算されます:
\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]
なぜ水分子が計算に含まれるのですか？
各ペプチド結合の形成は1つの水分子の損失を伴うため、総質量はそれに応じて調整されます。
結論
タンパク質分子量計算機は、生化学および分子生物学の研究者や学生にとって貴重なツールです。タンパク質の構造を分析したり、実験を実施したり、結果を解釈したりする際に、このツールは重要な分子特性を迅速かつ正確に提供します。